Welcome to MARS3D’s documentation !

Contents:

Version : 1

Overview :

“MARS Model documentation”

—More information about the MARS project on the following webpage.

This webpage describes the MARS model.

PDF/EPUB :

Cette documentation existe aussi aux formats PDF et EPUB.

Table of contents :

• MARS3D Documentation
  • MARS BASICS & HYDRO
    • MARS Overview
    • Scientific model description
    • Parametrization and closures
    • Numerical techniques
    • Numerical formulations
  • MARS Environment
    • What is the MARS environment
    • Setting up MARS environment
    • MARS environnement : Summary
    • MARS environnement : List of useful commands
    • MARS environnement : Build a new configuration
    • MARS environnement : Recovery of an old configuration to build a new one
    • MARS environnement : Update a configuration
  • MARS manual
    • MARS procedure (Step by Step)
    • Choice of CPP keys before compilation
    • Parametrization data
    • Diagnoses in MARS
    • Atmospherical forcing
    • Data Files
    • How to run a job
  • MARS modules
    • Module Substance
    • Module Sediment SEDI-MARS3D / MUSTANG
    • Module Ecosystème ECO-MARS (or BLOOM)
    • Module contaminant MET&OR
    • Module Trajectories
    • Module IBM (Individual Based Model)
    • Module AGRIF
    • Tidal Tool Box library
    • MARS adaptation for coastal lagoon
  • MARS Coupling with other codes
    • OASIS Library
    • XIOS Library : XML-IO-SERVER
• CHAINOP
• DATARMOR
  • Use on Datarmor
    • Basic environnement on Datarmor (disks)
    • HOW TO USE PBS commands
    • Methodology to launch batch on Datarmor
    • SCRATCH
  • Passage à Datarmor
  • Datarmor : quelques trucs à savoir
  • Environnement adapté à MARS
  • Utilisation de MARS sous Datarmor : les nouveautés
  • Utiliser une configuration déployée initialement sous Caparmor
    • Update makefile
    • Préparation Makefile.datarmor
    • Revoir les liens
    • Compilation
    • Lancement d’un run
  • Créer une nouvelle configuration sous Datarmor (avec MKCONFDIR)
  • FAQ & ERRORS
    • Compilation
    • Submission
    • The run does not start
• MARS developpers
  • INTEL 2017
    • Option de compilation
    • Debugging
    • Special
  • PARALLELIZATION
    • Pourquoi paralleliser un code ?
    • OpenMP
    • MPI
    • MPI+OMP
    • debuggage
    • Use on Caparmor
    • Variables liées à MPI dans MARS
  • CHAINE DE VALIDATION
• VALIDATION
  • Tidal Tool Box
    • Récupération des sources
    • Compilation sur Caparmor avec gcc
    • Compilation sous Linux avec gcc
    • Compilation sur Caparmor avec intel
    • Compilation sur Linux avec intel
    • Analyses offline
    • Validation de la marée : démarche générale
• Formation MARS3D
  • Exercice de création du maillage
  • Mise en place d’une configuration
    • 1.Installation et compilation
    • 2. Copie d’une configuration existante
    • 3. Paramétrisation et exécution
    • 4. Recompilation en parallèle et exécution
    • 5. Recompilation en hybride (OMP+MPI) et exécution
    • 6. Ajout d’un fichier météo
    • 7. Utilisation d’un fichier restart
    • 8. En cas de debbugage
  • CHAINOP
• Formation MARS3D Module Substance
  • Exercice de modification de la configuration hydrodynamique
  • Reprise d’une configuration Hydrodynamique
  • TEST 0 : Tester le module Substance sur le rang 1
  • TEST 1 : Module Substance sur le rang 1 : ajouts d’apports
  • TEST 2 : Module Substance sur le rang 1 : Exercice sur la sauvegarde et les conditions initiales
  • TEST 3 : Module Substance sur le rang 1 : Calcul de flux à travers des frontières
• Tutoriel pour le modele MARS3D
  • GENERATION DU MAILLAGE ET DE LA BATHYMETRIE
    • Construction d’un maillage avec le module CreateBMG
    • Interpolation de sondes bathymétriques sur la grille
    • Retouche d’une bathymétrie avec le programme CheckBMG
• Utilitaires ReStructuredText
• MUSTANG documentation - work in progress -
  • Module Sediment MUSTANG
    • General presentation of sediment module MUSTANG
    • Processes in sediment module MUSTANG
    • Implementation of MUSTANG module
    • Organization of MUSTANG routines
    • References - (module SEDI_MARS3D/MUSTANG)
  • Module Substance

Indexation

• Index
• Module Index
• Search Page

See also

This documentation is based based upon documentation found in:

• Sphinx
• Docutils