Modules utilisés dans le code EcoMARS

• Initialisation

  : bioloinit.F90

  contient plusieurs subroutines

nom subroutine appellée	vraie nom de la subroutine selon choix interface	appellé par :	actions
biolo_param biolo_init_iv biolo_init_id biolo_userinit	biolo_init_nut4phy3zoo2	init.F90 subreaddat.F90 subreaddat.F90 main.F90	lit les namelists de ECOMARS dans parabiolo.txt initialise et repère les indices des variables bio initialise et repère les indices des variables diagnostiques allocation de ws3max si key_parsubnewdt lecture des fichiers climato si key_messat initialisation des densite d’huitres si key_huitres initialisation de iponte si key_larve
biolo_userinit	biolo_init_dinodiatzoo	main.F90	modification de certaines initialisations

• calculs intermailles - Processus verticaux

  : biolodynzwat.F90

  contient plusieurs subroutines

nom subroutine appellée	vraie nom de la subroutine selon choix interface	appellé par :	actions
biolo_dyn_zwat	verti_nut4phy3zoo2	step3dxy.F90 step3dyx.F90	interpolation des MES dan le fichier climato si key_messat calcul des profondeurs de plancher des mailles calcul des vitesses de chute ws3 variable calcul du forçage MES (forcmes si key_messat) calcul du coefficient d’extinction et de l’atténuation de la lumière marquage de l’azote. Calcul de sources (si key_N_tracer..) calcul des variables diagnostiques 2d initalisation en certains points pour key_larve
	verti_bio_nut4phy3zoo2		not used

• calculs des termes source et puits en chaque maille

  : biolosinksource.F90

  contient plusieurs subroutines

nom subroutine appellée	vraie nom de la subroutine selon choix interface	appellé par :	actions
biolo_sksc_wat		step3dxy.F90 step3dyx.F90	Boucle sur tout le domaine en chaque maille dans l’eau appel la subroutine biolo_dyn_cellwat pour chaque maille pour le calcul des termes sources-puits dc (par jour) Calcul de dcdt=dc/86400 (parseconde) calcul des concentrations des variables fixées bio
biolo_sksc_sed		step3dxy.F90 step3dyx.F90	Boucle sur tout le domaine en chaque maille si sediment déposé appel la subroutine biolo_dyn_cellsed pour chaque maille pour le calcul des termes sources-puits calcul des concentrations des variables dans le sediment cv_sed

• calculs des processus biogéochimiques

  : biolodyncellwat.F90

  contient plusieurs subroutines

nom subroutine appellée	vraie nom de la subroutine selon choix interface	appellé par :	actions
biolo_dyn_cellwat	incellwat_nut4phy3zoo2	biolo_sksc_wat	Calculs préliminaires Calcul de chacun des processus (voir Hypothèses de base pour la formulation des processus) pour obtenir le terme source/puits dc dans la maille considérée calcul des variables diagnostiques 3D appel aux subroutines complémentaires correspondant aux modules additionnels (selon les clés CPP)
biolo_dyn_cellwat_psnz biolo_dyn_cellwat_karenia biolo_dyn_cellwat_phaeocystis biolo_dyn_cellwat_ulvas biolo_dyn_cellwat_benthos biolo_dyn_cellwat_microtracers biolo_dyn_cellwat_oxygen biolo_dyn_cellwat_oyster biolo_dyn_cellwat_N_tracer biolo_dyn_cellwat_P_tracer		biolo_dyn_cellwat	processus liés à la clé CPP key_psnz (Pseudo_Nitzschia) processus liés à la clé CPP key_karenia (Karenia) processus liés à la clé CPP key_phaeocystis (Phaeocystis) processus liés à la clé CPP key_ulvas (Ulves) processus liés à la clé CPP key_benthos (N,Si,P dans sediment) processus liés à la clé CPP key_microtracers (microtraceurs) processus liés à la clé CPP key_oxygen (Oxygene) processus liés à la clé CPP key_oyster (huitres Barille) processus liés à la clé CPP key_N_tracer (tracage Azote) processus liés à la clé CPP key_P_tracer (tracage Phosphore)