.. _module.bio:

Modules utilisés dans le code EcoMARS
======================================

.. _bioloinit:

     * Initialisation : **bioloinit.F90**
          contient plusieurs subroutines

     +------------------------------+---------------------------------+------------------+-----------------------------------------------------------------+
     |  *nom subroutine appellée*   |  *vraie nom de la subroutine*   | *appellé par :*  |                 *actions*                                       |
     |                              |  *selon choix interface*        |                  |                                                                 |
     +------------------------------+---------------------------------+------------------+-----------------------------------------------------------------+
     | | biolo_param                | |                               | | init.F90       | | lit les namelists de ECOMARS dans parabiolo.txt               |
     | | biolo_init_iv              | |                               | | subreaddat.F90 | | initialise et repère les indices des variables bio            |
     | | biolo_init_id              | |                               | | subreaddat.F90 | | initialise et repère les indices des variables diagnostiques  |
     | | biolo_userinit             | |  biolo_init_nut4phy3zoo2      | | main.F90       | | allocation de ws3max si *key_parsubnewdt*                     |
     | |                            | |                               | |                | | lecture des fichiers climato si *key_messat*                  |
     | |                            | |                               | |                | | initialisation des densite d'huitres si *key_huitres*         |
     | |                            | |                               | |                | | initialisation de iponte si *key_larve*                       |
     +------------------------------+---------------------------------+------------------+-----------------------------------------------------------------+
     |  biolo_userinit              |   biolo_init_dinodiatzoo        |     main.F90     |  modification de certaines initialisations                      |
     +------------------------------+---------------------------------+------------------+-----------------------------------------------------------------+

.. _biolodynzwat:

     * calculs intermailles - Processus verticaux  : **biolodynzwat.F90**
          contient plusieurs subroutines

     +------------------------------+---------------------------------+------------------+-----------------------------------------------------------------+
     |  *nom subroutine appellée*   |   *vraie nom de la subroutine*  | *appellé par :*  |                 *actions*                                       |
     |                              |   *selon choix interface*       |                  |                                                                 |
     +------------------------------+---------------------------------+------------------+-----------------------------------------------------------------+
     | | biolo_dyn_zwat             | |    verti_nut4phy3zoo2         | |  step3dxy.F90  | | interpolation des MES dan le fichier climato si *key_messat*  |
     | |                            | |                               | |  step3dyx.F90  | | calcul des profondeurs de plancher des mailles                |
     | |                            | |                               | |                | | calcul des vitesses de chute *ws3*  variable                  |
     | |                            | |                               | |                | | calcul du forçage MES (*forcmes* si key_messat)               |
     | |                            | |                               | |                | | calcul du coefficient d'extinction                            |
     | |                            | |                               | |                | | et de l'atténuation de la lumière                             |
     | |                            | |                               | |                | | marquage de l'azote. Calcul de sources (si key_N_tracer..)    |
     | |                            | |                               | |                | | calcul des variables diagnostiques 2d                         |
     | |                            | |                               | |                | | initalisation en certains points pour key_larve               |
     +------------------------------+---------------------------------+------------------+-----------------------------------------------------------------+
     |                              |     verti_bio_nut4phy3zoo2      |                  |  not used                                                       |
     +------------------------------+---------------------------------+------------------+-----------------------------------------------------------------+

.. _biolosinksource:

     * calculs des termes source et puits en chaque maille  : **biolosinksource.F90**
          contient plusieurs subroutines

     +------------------------------+---------------------------------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
     |  *nom subroutine appellée*   |   *vraie nom de la subroutine*  | *appellé par :*  |                 *actions*                                           |
     |                              |   *selon choix interface*       |                  |                                                                     |
     +------------------------------+---------------------------------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
     | | **biolo_sksc_wat**         |                                 | |  step3dxy.F90  | | Boucle sur tout le domaine en chaque maille dans l'eau            |
     | |                            |                                 | |  step3dyx.F90  | | appel la subroutine *biolo_dyn_cellwat* pour chaque maille        |
     | |                            |                                 | |                | | pour le calcul des termes sources-puits *dc* (par jour)           |
     | |                            |                                 | |                | | Calcul de dcdt=dc/86400   (parseconde)                            |
     | |                            |                                 | |                | | calcul des concentrations des variables fixées bio                |
     +------------------------------+---------------------------------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
     | | **biolo_sksc_sed**         |                                 | |  step3dxy.F90  | | Boucle sur tout le domaine en chaque maille si sediment déposé    |
     | |                            |                                 | |  step3dyx.F90  | | appel la subroutine *biolo_dyn_cellsed* pour chaque maille        |
     | |                            |                                 | |                | | pour le calcul des termes sources-puits                           |
     | |                            |                                 | |                | | calcul des concentrations des variables dans le sediment *cv_sed* |
     +------------------------------+---------------------------------+------------------+---------------------------------------------------------------------+

.. _biolodyncellwat:

     * calculs des processus biogéochimiques  : **biolodyncellwat.F90**
          contient plusieurs subroutines

     +---------------------------------+--------------------------------+-------------------+---------------------------------------------------------------------+
     |   *nom subroutine appellée*     |  *vraie nom de la subroutine*  | *appellé par :*   |                 *actions*                                           |
     |                                 |  *selon choix interface*       |                   |                                                                     |
     +---------------------------------+--------------------------------+-------------------+---------------------------------------------------------------------+
     | | biolo_dyn_cellwat             |   incellwat_nut4phy3zoo2       | biolo_sksc_wat    | | :ref:`calculs0`                                                   |
     | |                               |                                |                   | | Calcul de chacun des processus (voir :ref:`processus.bio`)        |
     | |                               |                                |                   | | pour obtenir le terme source/puits dc dans la maille considérée   |
     | |                               |                                |                   | | calcul des variables diagnostiques 3D                             |
     | |                               |                                |                   | | appel aux subroutines complémentaires correspondant               |
     | |                               |                                |                   | | aux modules additionnels (selon les clés CPP)                     |
     +---------------------------------+--------------------------------+-------------------+---------------------------------------------------------------------+
     | | biolo_dyn_cellwat_psnz        |                                | biolo_dyn_cellwat | | processus liés à la clé CPP *key_psnz* (Pseudo_Nitzschia)         |
     | | biolo_dyn_cellwat_karenia     |                                |                   | | processus liés à la clé CPP *key_karenia* (Karenia)               |
     | | biolo_dyn_cellwat_phaeocystis |                                |                   | | processus liés à la clé CPP *key_phaeocystis* (Phaeocystis)       |
     | | biolo_dyn_cellwat_ulvas       |                                |                   | | processus liés à la clé CPP *key_ulvas* (Ulves)                   |
     | | biolo_dyn_cellwat_benthos     |                                |                   | | processus liés à la clé CPP *key_benthos* (N,Si,P dans sediment)  |
     | | biolo_dyn_cellwat_microtracers|                                |                   | | processus liés à la clé CPP *key_microtracers* (microtraceurs)    |
     | | biolo_dyn_cellwat_oxygen      |                                |                   | | processus liés à la clé CPP *key_oxygen* (Oxygene)                |
     | | biolo_dyn_cellwat_oyster      |                                |                   | | processus liés à la clé CPP *key_oyster* (huitres Barille)        |
     | | biolo_dyn_cellwat_N_tracer    |                                |                   | | processus liés à la clé CPP *key_N_tracer* (tracage Azote)        |
     | | biolo_dyn_cellwat_P_tracer    |                                |                   | | processus liés à la clé CPP *key_P_tracer* (tracage Phosphore)    |
     +---------------------------------+--------------------------------+-------------------+---------------------------------------------------------------------+