Interventions du module ECOMARS dans le code MARS

Le couplage de ECOMARS induit des interventions dans le code dans plusieurs subroutines listées ci dessous

subroutines MARS	actions
comsubstance.F90	déclarations des tableaux flx_s2w,flx_flw2s,flx_w2s_sum (flux interface eau-sediment) déclarations du tableau dcdt (terme source et puit) déclaration du pas de temps bio dtbio déclaration des concentrations totales en MES et des profondeurs de plancher de chaque couche
init.F90	lecture des namelist de parabiolo.txt lecture de la namelist messat si key_messat et key_biolo
main.F90	appel à la subroutine de lecture des variables diagnostiques (sub_read_vardiag) appel à la subroutine d’initialisation speciale des concentrations (biolo_userinit) (exemple pour key_huitres) et lecture de la climato pour les MES (si key_messat)
output.F90	appel à la subroutine output_diag d’ecriture des variables diagnostiques dans des fichiers resultats
outputdiag.F90	sortie des variables diagnostiques
parsub_eq... tssub_eq...	prise en compte du terme dcdt (Sources et Puits) dus aux processus biologiques dans les equations de transport
parsubadvz...	prise en compte d’une vitesse de chute variable, calculée dans bilodyncellwat.
parsubeqhm.F90 tssubeqhm.F90	prise en compte du terme dcdt (Sources et Puits) dus aux processus biologiques dans les equations de transport
parsubobc3dapply.F90 subobc3dapply.F90 tsobc3dapply.F90	gradient nul aux limites ouvertes (ijgnul=1)
sflxsurf.F90	correction du coefficient d’extinction coext pour les flux de chaleur en fonction de l’extinction due à l’auto-ombrage et à l’attenuation de la lumière par les MES
step3dxy.F90 step3dyx.F90	appel à la subroutine biolo_dyn_zwat de calcul des vitesses de chute, de l’attenuation de la lumiere et appel à al subroutine biolo_sksc_wat de calcul du terme source et puits en chaque maille
subreaddat.F90 sub_read_var : sub_read_vardiag :	allocation et initialisation des termes: dcdt, attenuation, extinction, alumplafond, depthbottom, cmes3d et messat si key_messat appel à la subroutine biolo_init_iv pour repérer les numéros d’indice des variables bio routine de lecture des variables diagnostiques
summary.F90	ecriture de commentaires et d’infos propres à ECO-MARS