.. _intervention.bio:

Interventions du module ECOMARS dans le code MARS
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Le couplage de ECOMARS induit des interventions dans le code dans plusieurs subroutines listées ci dessous

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  |  *subroutines MARS*      |      *actions*                                                                                                                 |
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  | |   comsubstance.F90     | |   déclarations des tableaux *flx_s2w,flx_flw2s,flx_w2s_sum*  (flux interface eau-sediment)                                   |
  | |                        | |   déclarations du tableau *dcdt* (terme source et puit)                                                                      |
  | |                        | |   déclaration du pas de temps bio *dtbio*                                                                                    | 
  | |                        | |   déclaration des concentrations totales en MES et des profondeurs de plancher de chaque couche                              | 
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  | |   init.F90             | |    lecture des namelist de parabiolo.txt                                                                                     |
  | |                        | |    lecture de la namelist *messat* si key_messat et key_biolo                                                                |
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  | |   main.F90             | |    appel à la subroutine de lecture des variables diagnostiques   (sub_read_vardiag)                                         | 
  | |                        | |    appel à la subroutine d'initialisation speciale des concentrations (biolo_userinit)  (exemple pour key_huitres)           | 
  | |                        | |    et lecture de la climato pour les MES (si key_messat)                                                                     | 
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  |  output.F90              |      appel à la subroutine output_diag d'ecriture des variables diagnostiques dans des fichiers resultats                      |
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  |  outputdiag.F90          |      sortie des variables diagnostiques                                                                                        |
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  | |   parsub_eq...         | |    prise en compte du terme *dcdt* (Sources et Puits) dus aux processus biologiques                                          |
  | |   tssub_eq...          | |    dans les equations de transport                                                                                           | 
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  |  parsubadvz...           |      prise en compte d'une vitesse de chute variable, calculée dans bilodyncellwat.                                            |
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  | |   parsubeqhm.F90       | |    prise en compte du terme *dcdt* (Sources et Puits) dus aux processus biologiques                                          |
  | |   tssubeqhm.F90        | |    dans les equations de transport                                                                                           |
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  | |   parsubobc3dapply.F90 | |    gradient nul aux limites ouvertes (*ijgnul=1*)                                                                            |
  | |   subobc3dapply.F90    | |                                                                                                                              | 
  | |   tsobc3dapply.F90     | |                                                                                                                              |
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  | |   sflxsurf.F90         | |   correction du coefficient d'extinction coext pour les flux de chaleur en fonction de l'extinction                          |
  | |                        | |   due à l'auto-ombrage et à l'attenuation de la lumière par les MES                                                          |
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  | |   step3dxy.F90         | |   appel à la subroutine biolo_dyn_zwat de calcul des vitesses de chute, de l'attenuation de la lumiere                       |
  | |   step3dyx.F90         | |   et appel à al subroutine biolo_sksc_wat de calcul du terme source et puits en chaque maille                                |
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  | |   subreaddat.F90       | |                                                                                                                              |
  | |     sub_read_var :     | |    allocation et initialisation des termes: *dcdt, attenuation, extinction, alumplafond, depthbottom, cmes3d*                |
  | |                        | |     et *messat* si key_messat                                                                                                | 
  | |                        | |     appel à la subroutine biolo_init_iv pour repérer les numéros d'indice des variables bio                                  |
  | |     sub_read_vardiag : | |    routine de lecture des variables diagnostiques                                                                            | 
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  |   summary.F90            |      ecriture de commentaires et d'infos propres à ECO-MARS                                                                    |
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