Usage des clés CPP pour utiliser ECOMARS

  • Les clés CPP sont des clés qui permettent de compiler ou non certaines parties du code.
  • Elle sont à renseigner dans le fichier Makefile.caparmor.

Exemple :

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CPPFLAGS      = -Dkey_MPI_2D -Dkey_tide_fes2004 -Dkey_sflx_turb_default -Dkey_sflx_ir_swimbank -Dkey_sflx_solar_luyten -Dkey_dyn_adv_quick -Dkey_dyn_pg_djcs -Dkey_tssub_adv_ultimatequickestmacho -Dkey_tssub_wcompact -Dkey_parsub_wquickupwind -Dkey_substance -Dkey_biolo -Dkey_subs_part_eqsubdt
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On rappelle ci dessous les clés CPP courramment activées pour utiliser MARS et simuler des variables d’état transportées, en y ajoutant des processus biologiques (ECOMARS)

Note

Les variables biologiques peuvent être particulaires et chuter dans la colonne d’eau mais elles ne se déposent pas dans le sédiment avec la version de base. Il est necessaire de coupler ECOMARS avec modèle sédimentologique pour pouvoir le faire (Coupling SEDI-MARS (or MUSTANG) and ECO-MARS (or BLOOM))

  • CLES CPP pour le transport de variables (autre que salinité et température)
Clé CPP sert à prendre en compte ou à choisir ce que ça implique pour les données et parametres
key_substance simule plusieurs variables autre que Temp et Sal lit variable.dat, outflow.dat et parasubs.txt +fichiers de concentrations/flux apportées par rivieres et rejets lit points.dat, vardiag.dat, subbudgetdomain.dat si besoin
key_tssub... choix des schémas de résolution pour les équations de transport horizontaux et verticaux (sont déjà utilisés pour salinité et température) mais du fait de problèmes numériques liées aux vitesses de chute on peut utiliser 2 clés différentes : - Dkey_tssub_wcompact : pour les dissoutes - Dkey_parsub_wquickupwind : pour les particulaires
key_subs_part_eqsubdt sert à regrouper les variables particulaires qui ont la même vitesse de chute tout au long de la simulation - gagne du temps implique que des variables biologiques dont la vitesse de chute varie différemment dans l’espace ou le temps ne DOIVENT pas avoir au depart les mêmes vitesses de chute max et min pour ne pas être rassembler dans le même groupe. Verifier dans simu.log la definition des groupes
  • CLES CPP pour ECOMARS : Version de base en plus des clés CPP précédentes Versions de base

    Clé CPP sert à prendre en compte ou à choisir : ce que ça implique pour les données et parametres
    key_biolo
    simule des processus d’échange et d’évolution
    entre les variables biogéochimiques
    (cycle de l’azote)
    lit parabiolo.txt - option 1 par défaut : 17 variables d’état de base - exemple variable.dat : variable_bio_debase1.dat
    key_biolo_opt2
    associé à key_biolo pour utiliser l’option 2
    de la version de base
    • option 2 : 21 variables d’état de base
    • lit parabiolo.txt
    • exemple variable.dat : variable_bio_debase2.dat
    key_messat
    utilise une climato pour les MES
    issues de données satellitales
    lit fichier climato
    key_physadaptation
    permet de prendre en compte un comportement
    adaptatif en fonction des conditions du milieu
    effet turbidite sur le seuil de predation

    Ik variable en fonction de turbidité et saison
    \(\gamma_{mesozoo}\) varie avec turbidité
    pas de predation des diatomees par le microzoo
    si profondeur faible <100m
    vitesses de chute des diatomées et du matériel
    détritique varient en fonction de la profondeur
    Attention pour l’usage de la clé key_subs_part_eqsubdt
    s’assurer que les variables dont la vitesse de chute peut varier
    au cours du temps et de l’espace ne sont pas rassemblées dans un
    même groupe


    key_diatbenth
    permet de prendre en compte une variable fixée
    supplémentaire : N_diatomée_benthique (option 1)
    une variable fixée supplémentaire

    key_zoo_prod
    permet de calculer en plus la production totale
    “secondaire”; ici celle du zooplancton
    deux variables fixées supplémentaires
    trois variables diagnostiques en plus
  • CLES CPP pour ECOMARS : COUPLAGE ECOMARS+SEDI-MARS

    Clé CPP sert à prendre en compte ou à choisir :
    key_Pconstitonly_insed key_sedim ; key_sedim_mixsed
    couplage partiel avec le module SEDIM Coupling SEDI-MARS (or MUSTANG) and ECO-MARS (or BLOOM) |
    ne simule pas la biogeochimie dans les sediments |
  • CLES CPP pour ECOMARS : Modules suplémentaires

    Clé CPP
    sert à prendre en compte ou à choisir :


    ce que ça implique pour les données et parametres
    ATTENTION : pour chaque clé :
    modification des fichiers de paramètres
    key_psnz simulation de Pseudo-Nitzschia sp.
    (non compatible avec key_biolo_opt2)
    key_karenia simulation de Karenia mikimotoï
    (non compatible avec key_biolo_opt2)
    key_phaeocystis simulation de Phaeocystis globosa
    (non compatible avec key_biolo_opt2)
    key_ulvas simulation des Ulves non operationnelle
    key_benthos rajout du module benthos
    (non compatible avec key_biolo_opt2)
    key_suspensivores rajout du module suspensivores non operationnelle
    key_oxygen simulation de l’oxygene
    (non compatible avec key_biolo_opt2)
    key_oyster_benthos
    rajout du module huitre Crassostrea gigas
    seulement pour filtrage benthique
    (non compatible avec key_biolo_opt2)
    key_oyster_DEB
    rajout du module huitre Crassostrea gigas
    modele DEB
    (non compatible avec key_biolo_opt2)
    key_oyster_SFG
    rajout du module huitre Crassostrea gigas
    modele SFG
    (non compatible avec key_biolo_opt2)
    key_microtracers rajout du module microtraceur non operationnelle
    key_N_tracer rajout du module de traceur azote
    (non compatible avec key_diatbenth et key_biolo_opt2)
    (non compatible avec key_psnz, _karenia, _phaecystis)
    key_P_tracer rajout du module de traceur phosphore
    (non compatible avec key_diatbenth et key_biolo_opt2)
    (non compatible avec key_psnz, _karenia, _phaecystis)
    key_age_tracer rajout du module age traceur
    (associé à key_N_tracer ou key_P_tracer)
    (non compatible avec key_diatbenth et key_biolo_opt2)
    key_larve rajout du module larve non operationnelle