Usage des clés CPP pour utiliser ECOMARS

• Les clés CPP sont des clés qui permettent de compiler ou non certaines parties du code.
• Elle sont à renseigner dans le fichier Makefile.caparmor.

Exemple :

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CPPFLAGS      = -Dkey_MPI_2D -Dkey_tide_fes2004 -Dkey_sflx_turb_default -Dkey_sflx_ir_swimbank -Dkey_sflx_solar_luyten -Dkey_dyn_adv_quick -Dkey_dyn_pg_djcs -Dkey_tssub_adv_ultimatequickestmacho -Dkey_tssub_wcompact -Dkey_parsub_wquickupwind -Dkey_substance -Dkey_biolo -Dkey_subs_part_eqsubdt
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On rappelle ci dessous les clés CPP courramment activées pour utiliser MARS et simuler des variables d’état transportées, en y ajoutant des processus biologiques (ECOMARS)

Note

Les variables biologiques peuvent être particulaires et chuter dans la colonne d’eau mais elles ne se déposent pas dans le sédiment avec la version de base. Il est necessaire de coupler ECOMARS avec modèle sédimentologique pour pouvoir le faire (Coupling SEDI-MARS (or MUSTANG) and ECO-MARS (or BLOOM))

• CLES CPP pour le transport de variables (autre que salinité et température)

Clé CPP	sert à prendre en compte ou à choisir	ce que ça implique pour les données et parametres
key_substance	simule plusieurs variables autre que Temp et Sal	lit variable.dat, outflow.dat et parasubs.txt +fichiers de concentrations/flux apportées par rivieres et rejets lit points.dat, vardiag.dat, subbudgetdomain.dat si besoin
key_tssub...	choix des schémas de résolution pour les équations de transport horizontaux et verticaux	(sont déjà utilisés pour salinité et température) mais du fait de problèmes numériques liées aux vitesses de chute on peut utiliser 2 clés différentes : - Dkey_tssub_wcompact : pour les dissoutes - Dkey_parsub_wquickupwind : pour les particulaires
key_subs_part_eqsubdt	sert à regrouper les variables particulaires qui ont la même vitesse de chute tout au long de la simulation - gagne du temps	implique que des variables biologiques dont la vitesse de chute varie différemment dans l’espace ou le temps ne DOIVENT pas avoir au depart les mêmes vitesses de chute max et min pour ne pas être rassembler dans le même groupe. Verifier dans simu.log la definition des groupes

• CLES CPP pour ECOMARS : Version de base en plus des clés CPP précédentes Versions de base

  Clé CPP	sert à prendre en compte ou à choisir :	ce que ça implique pour les données et parametres
  key_biolo	simule des processus d’échange et d’évolution entre les variables biogéochimiques (cycle de l’azote)	lit parabiolo.txt - option 1 par défaut : 17 variables d’état de base - exemple variable.dat : variable_bio_debase1.dat
  key_biolo_opt2	associé à key_biolo pour utiliser l’option 2 de la version de base	option 2 : 21 variables d’état de base lit parabiolo.txt exemple variable.dat : variable_bio_debase2.dat
  key_messat	utilise une climato pour les MES issues de données satellitales	lit fichier climato
  key_physadaptation	permet de prendre en compte un comportement adaptatif en fonction des conditions du milieu effet turbidite sur le seuil de predation Ik variable en fonction de turbidité et saison \(\gamma_{mesozoo}\) varie avec turbidité pas de predation des diatomees par le microzoo si profondeur faible <100m vitesses de chute des diatomées et du matériel détritique varient en fonction de la profondeur	Attention pour l’usage de la clé key_subs_part_eqsubdt s’assurer que les variables dont la vitesse de chute peut varier au cours du temps et de l’espace ne sont pas rassemblées dans un même groupe Predation par le zooplancton Effet limitant de la lumiere sur la croissance phytoplanctonique Limitation de la croissance du zooplancton par la nourriture Sedimentation : Calcul des vitesses de chute
  key_diatbenth	permet de prendre en compte une variable fixée supplémentaire : N_diatomée_benthique (option 1)	une variable fixée supplémentaire
  key_zoo_prod	permet de calculer en plus la production totale “secondaire”; ici celle du zooplancton	deux variables fixées supplémentaires trois variables diagnostiques en plus

• CLES CPP pour ECOMARS : COUPLAGE ECOMARS+SEDI-MARS

  Clé CPP	sert à prendre en compte ou à choisir :
  key_Pconstitonly_insed key_sedim ; key_sedim_mixsed	couplage partiel avec le module SEDIM Coupling SEDI-MARS (or MUSTANG) and ECO-MARS (or BLOOM) | ne simule pas la biogeochimie dans les sediments |

• CLES CPP pour ECOMARS : Modules suplémentaires

  Clé CPP	sert à prendre en compte ou à choisir :	ce que ça implique pour les données et parametres ATTENTION : pour chaque clé : modification des fichiers de paramètres
  key_psnz	simulation de Pseudo-Nitzschia sp.	Diatomée nuisible : Pseudo-Nitzschia sp. (non compatible avec key_biolo_opt2)
  key_karenia	simulation de Karenia mikimotoï	Dinoflagellé nuisible : Karenia Mikimotoï (non compatible avec key_biolo_opt2)
  key_phaeocystis	simulation de Phaeocystis globosa	Nanoflagellé colonial Phaeocystis globosa (non compatible avec key_biolo_opt2)
  key_ulvas	simulation des Ulves	non operationnelle
  key_benthos	rajout du module benthos	Benthos (non compatible avec key_biolo_opt2)
  key_suspensivores	rajout du module suspensivores	non operationnelle
  key_oxygen	simulation de l’oxygene	Oxygène Dissous (non compatible avec key_biolo_opt2)
  key_oyster_benthos	rajout du module huitre Crassostrea gigas seulement pour filtrage benthique	OYSTER : Filtrage benthique (non compatible avec key_biolo_opt2)
  key_oyster_DEB	rajout du module huitre Crassostrea gigas modele DEB	Modele Huitre DEB : Dynamic Energy Budget (non compatible avec key_biolo_opt2)
  key_oyster_SFG	rajout du module huitre Crassostrea gigas modele SFG	OYSTER : Filtrage benthique (non compatible avec key_biolo_opt2)
  key_microtracers	rajout du module microtraceur	non operationnelle
  key_N_tracer	rajout du module de traceur azote	Traceur Azote ou Phosphore (non compatible avec key_diatbenth et key_biolo_opt2) (non compatible avec key_psnz, _karenia, _phaecystis)
  key_P_tracer	rajout du module de traceur phosphore	Traceur Azote ou Phosphore (non compatible avec key_diatbenth et key_biolo_opt2) (non compatible avec key_psnz, _karenia, _phaecystis)
  key_age_tracer	rajout du module age traceur	Traceur Azote ou Phosphore (associé à key_N_tracer ou key_P_tracer) (non compatible avec key_diatbenth et key_biolo_opt2)
  key_larve	rajout du module larve	non operationnelle