VERSION DE BASE - Option 1¶
La version de base (avec option 1 : par défaut) simule 17 variables d’état (voir figure ci dessous) et gère actuellement les détritus de matière organique particulaire avec un seul type de matériel (N_det, P_det, Si_det). Ces trois stocks de matière détritique sont créés par mortalité de toutes les espèces de plancton (phyto et zoo). La vitesse de chute de ce matériel est modulée par son origine estimé au même moment (vitesse de chute plus forte si l’origine est plutot zooplanctonique).
Un module optionnel (key_benthos Benthos) permet, en l’absence du module de sédiment (key_sedim non adapté actuellement pour gérer les variables dissoutes dans l’eau interstiyielle), de gérer le stockage-déstockage des formes détritiques des trois éléments azote, phosphore, silicium.
Note
Cette option est activée avec la clé : key_biolo.
Elle peut être associée aux clés key_physadaptation et/ou key_zoo_prod et/ou key_diatbenth (voir Usage des clés CPP pour utiliser ECOMARS)
Elle peut être associée également avec les différents modules (tracer, espèces toxiques, oxygène, benthos) (voir Usage des clés CPP pour utiliser ECOMARS)
- SCHEMA DES VARIABLES MODELISEES
Les processus biologiques (Hypothèses de base pour la formulation des processus) sont calculés en chaque maille im,jm,km dans l’eau.
Plusieurs modules complémentaires peuvent accompagner ces versions de base (Usage des clés CPP pour utiliser ECOMARS et Modules complémentaires optionnels)
TERMES SOURCES ET PUITS DANS LES EQUATIONS D’EVOLUTION (option 1 par défaut)¶
Puis les termes sources et puits qui décrivent l’évolution temporelle de chaque variable du fait des processus biogéochimiques sont calculés :
- Ammonium (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{NH4})}{dt}]_{bio}=\)
- Nitrate (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{NO3})}{dt}]_{bio}=\)
- Silice dissoute (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{Si})}{dt}]_{bio}=\)
- Phosphate dissous (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{PO4})}{dt}]_{bio}=\)
- Phosphate adsorbe échangeable (µmol. L-1) :
\([\frac{d(C_{Pads})}{dt}]_{bio}=+AdsP - DesP\) Adsorption - Désorption du phosphore
- Azote des diatomées (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{Ndiat})}{dt}]_{bio}=\)
- Azote des dinoflagellés (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{Ndino})}{dt}]_{bio}=\)
- Azote des nanoflagellés (nano-pico phytoplancton) (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{Nnano})}{dt}]_{bio}=\)
- Azote organique detritique (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{Ndetr})}{dt}]_{bio}=\)
- Silice biogénique détritique (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{Sidetr})}{dt}]_{bio}=\)
- Phosphore organique détritique (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{Pdetr})}{dt}]_{bio}=\)
- Azote du microzooplancton (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{Nmicrozoo})}{dt}]_{bio}=\)
- Azote du mesozooplancton (µmol. L-1) :
- \([\frac{d(C_{Nmesozoo})}{dt}]_{bio}=\)
PRODUCTIONS CUMULEES
Trois variables supplémentaires sont calculées : les cumuls (depuis le 1er janvier de chaque année) de la production primaire des 3 groupes phytoplanctoniques. ces variables sont estimées en chaque maille du domaine mais ne sont pas transportées. Ce sont des variables “fixées” du modèle, qui ne varient qu’en fonction de la biogéochimie et sont réinitialisées chaque année au 1er janvier.
- Production carbonee cumulee des nanoflagelles (gC. m-2 cumulé depuis le 1 Janvier dans une maille km d’épaisseur epn) :
- \([\frac{d(PP_{nano})}{dt}]_{bio}=+\mu_{nano}*C_{Nnano}*Fraction_{CNphyto}*MasseMolaire_C*epn\)
- Production carbonee cumulee des diatomées (gC. m-2 cumulé depuis le 1 Janvier dans une maille km d’épaisseur epn) :
- \([\frac{d(PP_{diat})}{dt}]_{bio}=+\mu_{diat}*C_{Ndiat}*Fraction_{CNphyto}*MasseMolaire_C*epn\)
- Production carbonee cumulee des dinoflagelles (gC. m-2 cumulé depuis le 1 Janvier dans une maille km d’épaisseur epn) :
- \([\frac{d(PP_{dino})}{dt}]_{bio}=+\mu_{dino}*C_{Ndino}*Fraction_{CNphyto}*MasseMolaire_C*epn\)
Dans cette option 1 les productions cumulées sont exprimées en masse de carbone.