Paramétrisation des processus¶

Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt)

Effet limitant de la lumiere sur la croissance phytoplanctonique

Effet limitant de la température sur la croissance du plancton

Effet limitant des sels nutritifs sur la croissance phytoplanctonique

Contenu chlorophyllien du phytoplancton

Limitation de la croissance du zooplancton par la nourriture

Predation par le zooplancton

Puits d’azote au fond

Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt)¶

Les paramètres qui sont utilisés dans le modèle MARS avec la clé key_biolo sont tous regroupés dans le fichier de NAMELIST (parabiolo.txt). Il convient de verifier tout d’abord les options choisies dans la première namelist namoptions et ensuite de choisir les valeurs de paramètres adéquates. Des valeurs de référence sont déjà inidiquées dans le fichier utilisé par défaut.

Le fichier parabiolo.txt automatiquement copié dans le repertoire $RDIR/CONFIG-CASE correspond au choix de l’option 1. Il existe de legères différences dans le parabiolo.txt utilisé pour l’option 2.

Warning

Pour l’option 2 : L’exemple de parabiolo.txt donné dans $HOMEMARS/../EXAMPLES/parabiolo_opt2.txt doit être utilisé à la place du parabiolo.txt de la configuration classique.

Namelists générales¶

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namoptions  |  p_sali_thhold_bio         | 10.        | seuil de salinite en dessous duquel on ne tient pas compte des   |          p.s.u         |
|              |                            |            | reaction biologiques supposees seulement marines                 |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namoptions  |  l_filtbenthsinusmes       | .true.     | benthos grazing vary sinusoidally (annual)                       |                        |
|              |                            |            | and depending on turbidity  (.FALSE for option 2)                |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namoptions  |  l_bioretro_extinct        | .false.    | true if physical extinction depends on biological extinction     |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namoptions  |  l_ChlNratio_var           | .true.     | true if ratio Chl/N function of extinction.                      |                        |
|              |                            |            | If .false. : constant ratio=p_phyto_ChlNratio                    |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namoptions  |  l_phyzoodeteffect_settle  | .true.     | effect of detritus sources on settling velocity of               |                        |
|              |                            |            | detrital material  (.FALSE for option 2)                         |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namoptions  |  l_SNeffect_settle         | .true.     | sels nuts effect on settling velocity of diatomees               |                        |
|              |                            |            | and Pseudonytschia (not used in option 2)                        |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namorgmat   |  p_N_remin                 | 0.02       | Taux remineralisation de N detritique à 0°C                      |  jour-1                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namorgmat   |  p_P_remin                 | 0.15       | Taux remineralisation de P detritique à 0°C                      |  jour-1                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namorgmat   |  p_Si_diss                 | 0.07       | Taux redissolution de Si biogénique  à 0°C                       |  jour-1                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namorgmat   |  p_T_effect                | 0.07       | Taux d'augmentation thermique des vitesses                       |  degre-1               |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namorgmat   |  p_reminbenth (si option 1)| 0.2        | ratio benthique:pelagique de remineralisation                    |  fraction              |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namorgmat   |  p_det_fragm (si option 2) | 0.01       | taux fragmentation MOP en MOD                                    |   jour-1               |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namorgmat   | p_diss_regmod (si option 2)| 0.4        | taux regeneration MOD en NH4                                     |   jour-1               |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namorgmat   |  p_micz_diss (si option 2) | 0.03       | fraction non assimilée par micz qui part en dissous              |   fraction             |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  nampsorb    |  p_P_adsor                 | 0.12       | Coefficient d'adsorption du phosphate                            | l.micromolP-1.jour-1   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  nampsorb    |  p_P_desor                 | 2.4        | Coefficient de desorption du phosphate                           | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  nampsorb    |  p_P_adsormaxspim          | 7.0        | Capacite maxi d'adsorption du P sur M.E.S                        | micromolP.g-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  nampsorb    |  p_P_adsormaxsed           | 7.0        | Capacite maxi d'adsorption du P sur sediment                     | micromolP.g-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgenphyto  |  p_phyto_ChlNratio         | 1.59       | Rapport Chloro/N constant                                        | g chl.(mol N)-1        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgenphyto  |  p_phyto_SiNratio          | 0.75       | Rapport Si/N Redfield                                            | molSi.molN-1           |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgenphyto  |  p_phyto_NPratio           | 16.0       | Rapport N/P Redfield du phytoplancton                            | molN.molP-1            |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgenphyto  |  p_phyto_CNratio           | 6.625      | Rapport C/N Molaire Redfield                                     | molC.molN-1            |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgenphyto  |  p_phyto_ChlNratiomax      | 2.5        | Rapport Chloro/N max du phytoplancton (utilisé si pris variable) | g chl.(mol N)-1        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgenphyto  | p_phyto_ChlN_ksmithextinct | 1.0        | Valeur de l'extinction donnant 70% du rapport Chloro/N max       | m-1                    |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

Namelists phytoplancton¶

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namnanophyto  |  p_nano_mumax              | 0.8        | Taux de croissance maxi du pico-nanophyto a O°C                  | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namnanophyto  |  p_nano_kNO3               | 0.1        | Constante de Michaelis du nanophyto pour NO3                     | micromol.l-1           |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namnanophyto  |  p_nano_kNH4               | 0.05       | Constante de Michaelis du nanophyto pour NH4                     | micromol.l-1           |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namnanophyto  |  p_nano_kPO4               | 0.05       | Constante de Michaelis du nanophyto pour PO4                     | micromol.l-1           |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namnanophyto  |  p_nano_thhold_mort        | 0.01       | Concentration seuil en dessous de laquelle pas de mortalite      | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namnanophyto  |  p_nano_mort               | 0.15       | Taux de mortalite du pico-nanophyto                              | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namnanophyto  |  p_nano_iksmith            | 70.0       | Flux lumineux Ik de Smith (=70% Pmax)                            | W.m-2                  |
|              |                            |            | ATTENTION : valeur differente selon key_physadaption ou non      |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdiatom    |  p_diat_mumax              | 0.6        | Taux de croissance maxi des diatomées a O°C                      | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdiatom    |  p_diat_kNO3               | 2.0        | Constante de Michaelis des diatomées pour NO3                    | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdiatom    |  p_diat_kNH4               | 1.5        | Constante de Michaelis des diatomées pour NH4                    | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdiatom    |  p_diat_kSi                | 1.         | Constante de Michaelis des diatomées pour Si                     | micromolSi.l-1         |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdiatom    |  p_diat_kPO4               | 0.15       | Constante de Michaelis des diatomées pour P                      | micromolP.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdiatom    |  p_diat_thhold_mort        | 0.01       | Concentration seuil en dessous de laquelle pas de mortalite      | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdiatom    |  p_diat_mortmax            | 0.1        | Taux max de mortalite des diatomées  (option 1)                  | jour-1                 |
|              |  p_diat_mort               | 0.02       | Taux de mortalite des diatomées (option 2)                       | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdiatom    |  p_diat_iksmith            | 60.0       | Flux lumineux Ik de Smith (=70% Pmax)                            | W.m-2                  |
|              |                            |            | ATTENTION : valeur differente selon key_physadaption ou non      |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdino      |  p_dino_mumax              | 0.4        | Taux de croissance maxi des dinoflagellés a O°C                  | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdino      |  p_dino_kNO3               | 3.0        | Constante de Michaelis des dinoflagellés pour NO3                | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdino      |  p_dino_kNH4               | 0.9        | Constante de Michaelis des dinoflagellés pour NH4                | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdino      |  p_dino_kPO4               | 0.1        | Constante de Michaelis des dinoflagellés pour P                  | micromolP.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdino      |  p_dino_thhold_mort        | 0.01       | Concentration seuil en dessous de laquelle pas de mortalite      | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdino      |  p_dino_mort               | 0.02       | Taux de mortalite des dinoflagellés                              | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namdino      |  p_dino_iksmith            | 70.0       | Flux lumineux Ik de Smith (=70% Pmax)                            | W.m-2                  |
|              |                            |            | ATTENTION : valeur differente selon key_physadaption ou non      |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

Namelist optionnelle Pseudonizschia¶

Les paramètres suivants sont utilisés seulement si la clé CPP key_psnz est activée (Diatomée nuisible : Pseudo-Nitzschia sp.)

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_mumax              | 2.0        | Taux de croissance maxi des Pseudo-Nitzschia a O°C               | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_tempopt            | 14.        | Temperature optimale pour Pseudo-Nitzschia                       |  degre C               |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_tempsigma          | 6.0        | Ecart-type du preferendum de temperature pour Pseudo-Nitzschia   |  degre C               |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_kNO3               | 1.5        | Constante de Michaelis des Pseudo-Nitzschia pour NO3             | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_kNH4               | 0.8        | Constante de Michaelis des Pseudo-Nitzschia pour NH4             | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_kPO4               | 0.1        | Constante de Michaelis des Pseudo-Nitzschia pour P               | micromolP.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_kSi                | 0.4        | Constante de Michaelis des Pseudo-Nitzschia pour Si              | micromolSi.l-1         |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_vmaxSi             | 0.2        | Vitesse max de pompage de Si par les Pseudo-Nitzschia            | µmolSi.µmolN-1.d-1     |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_kqSi               | 0.28       | Constante de Michaelis des Pseudo-Nitzschia pour la croissance   | µmolSi.µmolN-1         |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_qminSi             | 0.85       | Quota minimum de silicium des Pseudo-Nitzschia                   | µmolSi.µmolN-1         |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_seuilSi            | 1.0        | Quota seuil de silicium des Pseudo-Nitzschia pour la toxicite    | µmolSi.µmolN-1         |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_prod_domoic        | 20.0       | Taux de production d acide domoique par les Pseudo-Nitzschia     | µmolDA.µmolN-1.d-1     |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_mort               | 0.015      | Taux de mortalite des Pseudo-Nitzschia                           | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nampsnz      |  p_psnz_iksmith            | 60.0       | Flux lumineux Ik de Smith des Pseudo-Nitzschia (=70% Pmax)       | W.m-2                  |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

Namelist optionnelle Karenia¶

Les paramètres suivants sont utilisés seulement si la clé CPP key_karenia est activée (Dinoflagellé nuisible : Karenia Mikimotoï)

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_mumax           | 1.2        | Taux de croissance maxi absolu des Karenia a O°C                 | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_tempopt         | 14.        | Temperature optimale pour Karenia                                |  degre C               |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_tempsigma       | 5.0        | Ecart-type du preferendum de temperature pour Karenia            |  degre C               |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_vmaxN           | 0.2        | Vitesse max de pompage de N par les Karenia                      | µmolN.µmolC-1.d-1      |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_kqN             | 0.2        | Constante de Michaelis des Karenia pour la croissance            | µmolN.µmolC-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_qminN           | 0.15       | Quota minimum d azote des Karenia                                | µmolN.µmolC-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_kNO3            | 50.        | Constante de Michaelis des Karenia pour NO3                      | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_kNH4            | 0.4        | Constante de Michaelis des Karenia pour NH4                      | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_vmaxP           | 0.1        | Vitesse max de pompage de P par les Karenia                      | µmolP.µmolC-1.d-1      |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_kqP             | 0.03       | Constante de Michaelis des Karenia pour la croissance            | µmolP.µmolC-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_qminP           | 0.01       | Quota minimum de pĥosphore des Karenia                           | µmolP.µmolC-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_kPO4            | 0.2        | Constante de Michaelis des Karenia pour P                        | micromolP.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_mort            | 0.02       | Taux de mortalite simple des Karenia                             | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_iksmith         | 40.0       | Flux lumineux Ik de Smith des Karenia (=70% Pmax)                | W.m-2                  |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namkarenia   |  p_karenia_autotox_coef    | 0.0        | Coefficient d autotoxicite des Karenia                           | d-1.micromolN-1.l      |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

Namelist optionnelle phaeocyctis¶

Les paramètres suivants sont utilisés seulement si la clé CPP key_phaeocystis est activée (Nanoflagellé colonial Phaeocystis globosa)

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_mumaxcolo   | 2.3        | Taux de croissance maxi phaeocyctis coloniaux                    | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_mumaxcell   | 2.0        | Taux de croissance maxi phaeocyctis unicllulaires                | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_tempopt     | 10.        | Temperature optimale pour phaeocyctis                            |  degre C               |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_tempsigma   | 5.0        | Ecart-type du preferendum de temperature pour phaeocyctis        |  degre C               |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_kNO3colo    | 2.         | Constante de Michaelis des phaeocyctis colo pour NO3             | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_kNO3cell    | 0.8        | Constante de Michaelis des phaeocyctis cell pour NO3             | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_kNH4        | 0.3        | Constante de Michaelis des phaeocyctis pour NH4                  | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_kPO4colo    | 0.1        | Constante de Michaelis des phaeocyctis colo pour P               | micromolP.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_kPO4cell    | 0.05       | Constante de Michaelis des phaeocyctis cell pour P               | micromolP.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_iksmith     | 40.        | Flux lumineux Ik de Smith des phaeocystis (=70% Pmax)            | W.m-2                  |
|              |                            |            | ATTENTION : valeur differente selon key_physadaption ou non      |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_mort        | 0.05       | Taux de mortalite simple des phaeocyctis                         | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_lyse        | 0.07       | Taux de lyse des colonies de phaeocyctis                         | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_coloinit    | 0.2        | Taux de formation des colonies de phaeocyctis                    | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_coloseuil   | 0.05       | Seuil de formation des colonies de phaeocyctis                   | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_phaeocystis_mucus_decay | 0.1        | Taux de degradation du mucus des phaeocyctis                     | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|namphaeocystis|  p_mesz_captphaeocolo      | 0.0        | Capturabilite Macrozoo/phaeocystis coloniaux                     | s.d.                   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

Namelists zooplancton¶

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammesozoo   |  p_mesz_thrN               | 2.0        | seuil d'azote pour predation                                     | micromoleN.l-1         |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammesozoo   |  p_mesz_kivlev             | 0.35       | pente d'Ivlev du mesozoo                                         | l.micromolN.l-1        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammesozoo   |  p_mesz_thhold_mes_kivlev  | 5.         | MES seuil adaptation turbidite de Kivlev                         | g.L-1                  |
|              |                            |            | (only if key_physadaptation)                                     |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammesozoo   |  p_mesz_mumax              | 0.25       | Taux de croissance max a 0°C du mesozoo                          | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammesozoo   |  p_mesz_assim              | 0.6        | Taux d'assimilation du mesozoo (actif si decommente ds code)     | s.u.                   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammesozoo   |  p_mesz_excret             | 0.03       | Pertes physiologiques a 0°C du mesozoo                           | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammesozoo   |  p_mesz_thhold_mort        | 0.01       | Concentration seuil en dessous de laquelle pas de mortalite      | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammesozoo   |  p_mesz_mort1              | 0.05       | Mortalite minimale a 0°C du mesozoo                              | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammesozoo   |  p_mesz_mort2              | 0.04       | Mortalite fonction de la biomasse a 0°C du mesozoo               | jour-1(micromol-1.l)   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammesozoo   |  p_mesz_CDWratio           | 0.25       | Rapport C sur poids sec du mesozoo                               | gC.gpdssec-1           |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammesozoo   |  p_mesz_CNratio            | 5.45       | Rapport molaire C sur N du mesozoo                               | mole.mole-1            |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammicrozoo  |  p_micz_mumax              | 0.4        | Taux de croissance max a 0°C du microzoo                         | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammicrozoo  |  p_micz_kgraz              | 1.0        | Constance de demi-saturation du microzoo                         | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammicrozoo  |  p_micz_assim              | 0.6        | Taux d'assimilation du microzoo (actif si decommente ds code)    | s.u.                   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammicrozoo  |  p_micz_excret             | 0.1        | Pertes physiologiques a 0°C du microzoo                          | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammicrozoo  |  p_micz_thhold_mort        | 0.01       | Concentration seuil en dessous de laquelle pas de mortalite      | micromolN.l-1          |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammicrozoo  |  p_micz_mort               | 0.02       | Taux de mortalite a 0°C du microzoo                              | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| nammicrozoo  |  p_micz_thrnano            | 0.1        | seuil de nano pour predation du microzoo                         | microg.l-1_N           |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

Namelist optionnelle Oxygene¶

Les paramètres suivants sont utilisés seulement si la clé CPP key_oxygen est activée (Oxygène Dissous)

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namoxygen    |  p_phyto_photoratio        | 2.0        | Quotient photosynthetique                                        | s.d.                   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namoxygen    |  p_O2_kremin               | 1.2        | Constance demi saturation o2 remineralisation                    | mg/L-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namoxygen    |  p_nitrifwat               | 0.1        | Taux nitrification dans l'eau a 0°C                              | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namoxygen    |  p_zoo_resp                | 0.084      | Taux de respiration du zooplancton                               | mgO2.micromolN-1.j-1   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

Namelist Radiation lumineuse¶

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namoptics    |  p_extincwat               | 0.06       | Coeff.extinction de base                                         | m-1                    |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namoptics    |  p_extincspim              | 0.05       | Coeff pour extinction du aux MES par absorption                  | m-1.mg-1.l             |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namoptics    |  p_extincChl1              | 0.05       | Coeff. de la chloro pour extinction par absorption/autoombrage   | m-1.mg-1.l             |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namoptics    |  p_extincChl2              | 0.75       | Coeff. exposant de la chloro pour extinction                     | s.d.                   |
|              |                            |            | par absorption/autoombrage                                       |                        |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namoptics    |  p_parradratio             | 0.43       | Fraction du PAR dans l energie solaire incidente                 | s.d.                   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

Namelist optionnelle Benthos¶

Les paramètres suivants sont utilisés seulement si la clé CPP key_benthos est activée (Benthos)

+----------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST      |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+----------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsedbenthos  |  p_erodflux                | 0.00001    | Flux d'erosion pour tau=2*taucritique                            | kg.m-2.s-1             |
+----------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsedbenthos  |  p_erodcrittau             | 1.0        | Tension critique d'erosion pour le sediment                      | N.m-2                  |
+----------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsedbenthos  |  p_detzoo_wsed             | 0.00008    | Vitesse de chute moyenne du Detritique issu du zoo               | m.s-1                  |
+----------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsedbenthos  |  p_detphy_wsed             | 0.00005    | Vitesse de chute moyenne du Detritique issu du phyto             | m.s-1                  |
+----------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsedbenthos  |  p_erodvitcrit             | 0.2        | Vitesse critique d'erosion pour le sediment                      | m.s-1                  |
+----------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  namsedbenthos |  p_burial                  | 0.005      | Taux d'enfouissement utilise si key_benthos                      | jour -1                |
+----------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsedbenthos  |  p_depovitcrit             | 0.3        | Vitesse critique de depot pour le sediment                       | m.s-1                  |
|                |                            |            | OU selon formule utilisée en dur dans la subroutine benthos      | m2.s-2                 |
|                |                            |            |       vitesse critique au carre                                  | m2.s-2                 |
+----------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

Namelist optionnelle sediment couplage total¶

Les paramètres suivants sont utilisés seulement si la clé CPP key_sedim et key_sedim_mixsed sont activées (Couplage avec le module SEDI-MARS)

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsediment  |  p_diat_mort_sed           | 0.05       | Taux max de mortalite des Diatomees dans le sediment             | jour -1                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsediment  |  p_Nbent_remin             | 0.002      | Taux remineralisation de N benthique a 0°C                       | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsediment  |  p_Pbent_remin             | 0.0015     | Taux remineralisation de P benthique a 0°C                       | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsediment  |  p_Sibent_dissol           | 0.001      | Taux redissolution de Si benthique a 0°C                         | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsediment  |  p_detzoo_wsed             | 0.00008    | Vitesse de chute moyenne du Detritique issu du zoo               | m.s-1                  |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsediment  |  p_detphy_wsed             | 0.00005    | Vitesse de chute moyenne du Detritique issu du phyto             | m.s-1                  |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namsediment  |  p_nitrifsed               | 0.02       | Taux nitrification dans le sediment a 0°C                        | jour-1                 |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

Namelist capturabilite¶

+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
|  NAMELIST    |  nom du paramètre          | référence  |  signification - usage                                           |   unité                |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgrazing   |  p_mesz_captdiat           | 1.0        | Capturabilité Macrozoo/diat                                      | s.d.                   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgrazing   |  p_mesz_captdino           | 0.1        | Capturabilité Macrozoo/dino                                      | s.d.                   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgrazing   |  p_mesz_captmicz           | 0.7        | Capturabilité Macrozoo/microzoo                                  | s.d.                   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgrazing   |  p_micz_captdiat           | 0.0        | Capturabilité Microzoo/diat                                      | s.d.                   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgrazing   |  p_micz_captnano           | 1.0        | Capturabilité Microzoo/nano                                      | s.d.                   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgrazing   |  p_micz_captdet            | 0.8        | Capturabilité Microzoo/detritique                                | s.d.                   |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+
| namgrazing   |  p_txfiltbenthmax          | 1.0        | Taux maximum de filtration par le zoobenthos                     | m3.d-1.m-2             |
+--------------+----------------------------+------------+------------------------------------------------------------------+------------------------+

Effet limitant de la lumiere sur la croissance phytoplanctonique¶

On considère que le flux lumineux dans le visible, utilisable par la photosynthèse (P.A.R.), est égal à environ la moitié du flux solaire total Iz (Brock, 1981). Le rapport exact f_PARest modifiable; sa valeur par défaut dans le fichier de paramètre est égal à 0,43 (p_parradratio : Fraction du PAR dans l’energie solaire incidente).
Les études expérimentales de l’effet de la lumière sur l’intensité de la photosynthèse montrant rarement un effet photo-inhibiteur des forts éclairements, l’action de la lumière est représentée par une courbe à plateau dite loi de Smith.
L’effet limitant moyen de la lumière sur une tranche d’eau d’épaisseur hz située entre les profondeurs Zmin et (Zmin+dz) est calculable analytiquement :

$flum=\frac{1}{hz}*\int_{Zmin}^{Zmin+hz} \frac{\frac{I_z}{Ik_{phyto}}}{\sqrt{1+(\frac{I_z}{Ik_{phyto}})^2}}dz$

avec :

hz : profondeur entre les deux niveaux

I_z: Intensité lumineuse (W.m^-2) à la profondeur z

$Ik_{phyto}$ Intensité lumineuse de Smith (donnant environ 70% de la croissance maximale pour un phyto donné) (W.m-2)

$Ik_{phyto}$ est constant égal à $Ik0_{phyto}=$ [p_diat_iksmith, p_dino_iksmith, p_nano_iksmith ==> voir Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt)]

Des variations de $Ik_{phyto}$ en fonction de la turbidité et même de la saison ont été également proposées mais elles ne sont plus utilisées actuellement (mis en commentaire)

$Ik_{phyto}=Ik0_{phyto}* (1.-\frac{\frac{K_z}{K_{70}}}{\sqrt{1+(\frac{K_z}{K_{70}})^2}})$

ou

$Ik_{phyto}=Ik0_{phyto}* (1.+0.5*SIN(2.*\frac{\pi}{365}*(j_{julien}-100)))*(1.-\frac{\frac{K_z}{K_{70}}}{\sqrt{1+(\frac{K_z}{K_{70}})^2}})$

I_z décroit exponentiellement avec la profondeur z en fonction du coefficient d’extinction K_z (m-1), qui, lui même, intègre l’auto-ombrage du phytoplancton (Chloro, en µg/L) ainsi que l’atténuation de la lumière du fait de la concentration en particules minérales (MES, en mg/L) :

$I_z=f_{PAR} * I_S \exp (-K_z*z)$

avec :

I_S : Intensité lumineuse en surface (W.m-2)

K_z : coefficient d’extinction (voir Coefficient d’extinction)

f_PAR : fraction de l’énergie solaire incidente en surface (PAR) (p_parradratio)

Effet limitant de la température sur la croissance du plancton¶

L’effet de la température est simplement représenté par un effet exponentiel, valable entre 0° et 25°C et correspondant à un doublement tous les 10 degrés (loi du Q10 =2)

$f_T= \exp(\alpha_T*Temp)$

avec :

$\alpha_T$ : Taux d’augmentation thermique des vitesses (paramètre p_T_effect ==> voir Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt))

Effet limitant des sels nutritifs sur la croissance phytoplanctonique¶

Pour les diatomées, la limitation par les sels nutritifs est causée par l’azote minéral total, la silice dissoute et le phosphore dissous. On prend donc en compte l’effet minimum des trois.

$f_{SNutdiat}=min(f_{Ndiat},f_{Sidiat},f_{Pdiat})$
Pour les dino- et nanoflagellés, la limitation est due seulement à l’azote minéral total et au phosphore dissous.

$f_{SNutdino-nano}=min(f_{Ndino-nano},f_{Pdino-nano})$
Limitation par le phosphore et le silicium
: Si et P

la limitation par les sels nutritifs est décrite par une simple loi de Michaelis-Menten :

$f_{SPphyto} = \frac{P}{(P+K_{Pphyto})}$

$f_{Siphyto} = \frac{Si}{(Si+K_{Siphyto})}$

avec :
- SNut : concentration en sels nutritifs (µmol.l-1), Si, N ou P
- P : concentration en phosphore P (µmol.l-1)
- Si : concentration en silicium Si (µmol.l-1)
- $K_{SNPphyto}$
  : constante de demi-saturation du sel nutritif considéré (Si,N ou P) (µmol.l-1) pour chaque espece de phytoplancton :
  
  [p_diat_KNO3, p_dino_KNO3, p_nano_KNO3 ==> voir Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt)]
  
  [p_diat_KNH4, p_dino_KNH4, p_nano_KNH4 ==> voir Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt)]
  
  [p_diat_kSi ==> voir para_NAMELIT_biolo]
  
  [p_diat_kPO4, p_dino_kPO4, p_nano_kPO4 ==> voir Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt)]
Limitation par l’azote : N

L’azote, présent sous les deux formes inorganiques dissoutes NH4⁺ et NO3^-, la fonction de limitation est celle d’O’Neill et al. (1989), qui prend en compte simultanément la disponibilité des deux formes azotées :

$f_{Nphyto} = \frac{ (\frac{NH_4}{K_{NH4phyto}}+\frac{NO_3}{K_{NO3phyto}}) } {(1+\frac{NH_4}{K_{NH4phyto}}+\frac{NO_3}{K_{NO3phyto}})}= \frac{NH4}{(NH4+K_{NH4phyto}+NO3\frac{K_{NH4phyto}}{K_{NO3phyto}})}+\frac{NO3}{(NO3+K_{NO3phyto}+NH4\frac{K_{NO3phyto}}{K_{NH4phyto}})}$

et si :

$Fraction_{NH4phyto}=\frac{NH4}{(NH4+K_{NH4phyto} +NO3 \frac{K_{NH4phyto}}{K_{NO3phyto}})}$

et :

$Fraction_{NO3phyto}=\frac{NO3}{(NO3+K_{NO3phyto}+NH4 \frac{K_{NO3phyto}}{K_{NH4phyto}})}$

et :

$f_{Nphyto} = Fraction_{NH4phyto}+Fraction_{NO3phyto}$

Contenu chlorophyllien du phytoplancton¶

Pour pouvoir comparer les biomasses phytoplanctoniques simulées à celles mesurées soit par prélèvements in situ, soit par télédétection, il faut convertir les unités des biomasses simulées en µg/L de chlorophylle a. Cette conversion se fait à partir d’un rapport Chlorophylle/N donné en paramètre (p_phyto_ChlNratio) et pris constant. Cependant, si l’option l_ChlNratio_var est choisie (=.true.), ce rapport peut varier en fonction du coefficient d’extinction.

En effet, l’adaptation des végétaux à la pénombre fait qu’en moyenne, à biomasse carbonée ou azotée égale, les algues poussant en milieu peu éclairé ont une teneur en chlorophylle plus forte que celles poussant en milieu bien éclairé. Une relation empirique a donc été recherchée entre le rapport Chl/N et le coefficient d’extinction de l’eau ambiante, et une loi de Smith (faisant écho à la formulation de l’effet limitant de la lumière) a été ajustée sur le nuage de points issus des 3 cartes annuelles moyennes de surface de 2001 de la chlorophylle mesurée par satellite, la biomasse azotée totale simulée pour le phytoplancton et le coefficient d’extinction simulé en surface.

$effetturbidite=\frac {\frac{K_z}{K_{70}} } {\sqrt{1+(\frac{K_z}{K_{70}})^2}}$ et $\frac{Chl}{N}=rChlN=\max (0.7,R_{ChlNmax}*effetturbidite)$

avec :

K_z: Coefficient d’extinction dans l’eau ambiante

K₇₀: Coefficient d’extinction donnant 70% du rapport Chl/N maximum (paramètre p_phyto_ChlN_ksmithextint Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt))

Limitation de la croissance du zooplancton par la nourriture¶

Pour le mesozooplancton : la limitation par la nourriture suit une formulation d’Ivlev

$f_{mesozoo} = (1- \exp (-\gamma_{mesozoo} Zproie_{mesozoo}))$

avec :

$\gamma_{mesozoo}$ : parametre affectant la pente de la courbe aux faibles concentrations de nourriture [= p_mesz_kivlev ==>> voir para_NAMELIT_biolo]

$Zproie_{mesozoo}$ : quantité de proie visible par le mesozooplancton

en option :

$\gamma_{mesozoo}$ peut varier en fonction de la turbidité si on utilise la clé key_physadaptation et si MES<Seuil= p_mesz_thhold_mes_kivlev en mg/L)

$\gamma_{mesozoo}=\gamma0_{mesozoo}*min(1,\frac{1.-\frac{K_z}{K_{70}}}{\sqrt{1+(\frac{K_z}{K_{70}})^2}})$
Pour le microzooplancton : la limitation par la nourriture suit une loi de Michaelis Menton

$f_{microzoo} = \frac{Zproie_{microzoo}}{Zproie_{microzoo}+XMproie_{microzoo}}$

avec :

XMproie_microzoo : Constante à demi saturation du microzooplancton

$Zproie_{microzoo}$ : quantité de proie visible par le microzooplancton
La quantité de proie “visible” $Zproie_{zoo}$ dépend des concentrations des proies, des coefficients d’attractivité correspondant au zooplancton considéré et elle s’annulle au dessous d’un seuil de démarrage de la predation (voir Predation par le zooplancton)
- Option 1 (par défaut) :
  
  $Zproies_{zoo}=\max(0,\Sigma(proies_{zoo}) - Sc_{zoo}))$
  
  avec :
  
  $\Sigma(proies_{zoo})$ : concentration totale de proies « visibles » par le zooplancton considéré
  
  Sc_mesozoo : seuil de concentration en proies totales en dessous duquel la consommation par le zooplancton est nulle (µmol.L-1 d’azote) (voir Predation par le zooplancton)
- Option 2 (si key_biolo_opt2) :
  
  $Zproies_{zoo}=\Sigma(proies_{zoo})$
  
  si $Zproies_{zoo}<0.005$ , alors pas de predation pour ce zooplancton

Et bien sûr si $Zproies_{zoo} = 0$, il n’y a pas de prédation pour ce zooplancton

La concentration totale de proies « visibles » $\Sigma(proies_{zoo})$ par un type de zooplancton est simplement une somme des variables azotées organiques pondérées chacune par un coefficient d’attractivité $\alpha$ entre 0 et 1 pour ce type de zooplancton.
$\Sigma(proies_{zoo})=\sum{nproie} Cproie_{zoo}$

$Cproie_{zoo}=C_{Nproie}*\alpha_{proie-zoo}$
Dans le modèle, $Cproie_{zoo}$ correspond par exemple à capdet,capdiat,captdino,captmicrozoo
En option (si key_physadaptation) : la quantité de diatomées “visible” pour le microzooplancton est annulée en tout point où la profondeur d’eau est inférieure à 100 mètres.
Les coefficients d’attractivité $\alpha$ sont des paramètres constants :
- Pour le microzooplancton, les attractivités non nulles concernent les nanoflagellés et l’azote organique détritique.
  
  (paramètre p_micz_captdiat, p_micz_captdino, p_micz_captnano voir Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt))
- Pour le mésozooplancton, les attractivités non nulles concernent les diatomées et les dinoflagellés.
  
  (paramètre p_mesz_captdiat, p_mesz_captdino, p_mesz_captmicz voir Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt))

Predation par le zooplancton¶

Le seuil de démarrage de la prédation par le zooplancton est considéré dans l’option 1 du modèle de base (option par défaut) comme variable en fonction de la visibilité des proies; la même dépendance au coefficient d’extinction local K_z(loi de Smith) est utilisée que pour le rapport Chlorophylle/Azote :

$Sc_{zoo}=Sc\stackrel{zoo}{max} \frac {\frac{K_z}{K_{70}} } {\sqrt{1+(\frac{K_z}{K_{70}})^2}}$

avec :

Sc_zoo : seuil de concentration en proies totales qui depend de la turbidité (µmol.L-1 d’azote)

$Sc\stackrel{zoo}{max}$ : seuil max de concentration en proies en dessous duquel la consommation par le zooplancton est nulle (paramètre p_mesz_thrN, p_micz_thrnano ==> Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt))

K_z: Coefficient d’extinction dans l’eau ambiante

K₇₀: Coefficient d’extinction donnant 70% du rapport Chl/N maximum (paramètre p_phyto_ChlN_ksmithextint ==> Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt))

La quantité d’azote organique detritique broutée par le microzooplancton s’exprime par :

$Cdet_{microzoo}=\alpha_{Ndet-microzoo}*\min(C_{Ndet},C_{Pdet}*p_{phyto-NPratio})$

avec :

$\alpha_{Ndet-microzoo}$ : attractivité du Ndet pour le microzzoplancton (paramètre p_micz_captdet see para_namelist.pdf

$p_{phyto-NPratio}$ : rapport N/P du phytoplancton (p_phyto_NPratio ==>:ref:parametres.biolo)

La quantité de phosphore organique detritique broutée par le microzooplancton est estimée à partir de la quantité d’azote consommée, multipliée par un rapport P/N dans le zooplancton (inverse de $R_{phyto-NPratio}$ donné en paramètre).

Les rapports N/P $R_{phyto-NPratio}$ sont identiques quelque soit l’espèce de plancton (phyto et zoo) : (p_phyto_NPratio ==>:ref:parametres.biolo)

Puits d’azote au fond¶

Dans l’ option 1, un puits par filtration benthique est pris en compte dans la couche de fond :
- La pression de broutage ou la filtration de l’azote par le benthos est exprimée par une paramètre constant ([p_txfiltbenthmax] ou bien il varie saisonnièrement :
  
  Si l_filtbenthsinusmes = .true. alors : $T_{filtbenth}=X_{filtbenthmax}*(1.+\sin(\frac{2.*\pi}{365*(J_{julien}-125)}))/2.$

avec :

X_filtbenthmax : Taux maximum de filtration par le zoobenthos (m3.d-1.m-2)

J_julien : jour julien

le filetrage benthique peut aussi prendre en compte le filtrage par les huitres (ou les moules ou les crépidules). Pour les huitres, il faut activer la clé key_oyster_benthos (OYSTER : Filtrage benthique)

cette pression s’applique sur l’azote des especes de phytoplancton.

Cette matière transformée est transferrée :

soit dans les variables benthiques si on utilise la clé key_benthos (sans la clé key_sedim), (voir le module benthos Benthos)

soit dans les variables organiques détritiques dans la colonne d’eau (azote, phosphore et silice particulaire)

soit dans les variables organiques détritiques dans le sédment si on utilise le couplage ECOMARS+SEDIMARS avec la key_sedim (voir Coupling SEDI-MARS (or MUSTANG) and ECO-MARS (or BLOOM))

Dans l’ option 2, un puits d’azote, (et Si et P) est pris en compte du fait de la chute des particules :
- pour les diatomées : la fraction qui chute est égale à :
  
  $fractionDIAT_N = c_{Ndiat}*(min((ws3(2,iv_{Ndiat},i,j)*dtbio/epn),1))$
  
  $fractionDIAT_P = FractionDIAT_N * Fraction_{Pphyto}$
  
  $fractionDIAT_Si = FractionDIAT_N *Fraction_{Siphyto}$
  
  25% de cette fraction est convertie en azote (P, Si) détritique dissous
  
  75% de cette fraction est convertie en azote (P, Si) stocké au fond (perdu pour la colonne d’eau)
- pour le matériel détritique : la fraction qui chute est égale à :
  
  $fractionDET_N = c_{Ndetr}*(min((ws3(2,iv_{Ndetr},i,j)*dtbio/epn),1))$
  
  $fractionDET_Si=c_{Sidetr}*(min((ws3(2,iv_{Sidetr},i,j)*dtbio/epn),1))$
  
  $fractionDET_P=c_{Pdetr}*(min((ws3(2,iv_{Pdetr},i,j)*dtbio/epn),1))$
  
  25% de cette fraction est convertie en azote (P, Si) détritique dissous
  
  75% de cette fraction est convertie en azote (P, Si) stocké au fond (perdu pour la colonne d’eau)

Table Of Contents

Previous topic

Next topic

This Page

Paramétrisation des processus¶

Paramètres dédiés aux applications ECO-MARS (parabiolo.txt)¶

Namelists générales¶

Namelists phytoplancton¶

Namelist optionnelle Pseudonizschia¶

Namelist optionnelle Karenia¶

Namelist optionnelle phaeocyctis¶

Namelists zooplancton¶

Namelist optionnelle Oxygene¶

Namelist Radiation lumineuse¶

Namelist optionnelle Benthos¶

Namelist optionnelle sediment couplage total¶

Namelist capturabilite¶

Effet limitant de la lumiere sur la croissance phytoplanctonique¶

Effet limitant de la température sur la croissance du plancton¶

Effet limitant des sels nutritifs sur la croissance phytoplanctonique¶

Contenu chlorophyllien du phytoplancton¶

Limitation de la croissance du zooplancton par la nourriture¶

Predation par le zooplancton¶

Puits d’azote au fond¶