.. _clesCPP.bio: Usage des clés CPP pour utiliser ECOMARS ========================================= * Les **clés CPP** sont des clés qui permettent de compiler ou non certaines parties du code. * Elle sont à renseigner dans le fichier **Makefile.caparmor**. Exemple : :: # CPPFLAGS = -Dkey_MPI_2D -Dkey_tide_fes2004 -Dkey_sflx_turb_default -Dkey_sflx_ir_swimbank -Dkey_sflx_solar_luyten -Dkey_dyn_adv_quick -Dkey_dyn_pg_djcs -Dkey_tssub_adv_ultimatequickestmacho -Dkey_tssub_wcompact -Dkey_parsub_wquickupwind -Dkey_substance -Dkey_biolo -Dkey_subs_part_eqsubdt # On rappelle ci dessous les clés CPP courramment activées pour utiliser MARS et simuler des variables d'état transportées, en y ajoutant des processus biologiques (ECOMARS) .. note:: Les variables biologiques peuvent être particulaires et chuter dans la colonne d'eau mais elles ne se déposent pas dans le sédiment avec la version de base. Il est necessaire de coupler ECOMARS avec modèle sédimentologique pour pouvoir le faire (:ref:`coupl_biolo_sedim`) * **CLES CPP pour le transport de variables** (autre que salinité et température) +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ | *Clé CPP* | *sert à prendre en compte ou à choisir* | *ce que ça implique pour les données et parametres* | +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ | **key_substance** | simule plusieurs variables autre que Temp et Sal | lit variable.dat, outflow.dat et parasubs.txt | | | | +fichiers de concentrations/flux apportées par rivieres et rejets | | | | lit points.dat, vardiag.dat, subbudgetdomain.dat si besoin | +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ | **key_tssub...** | choix des schémas de résolution pour les | (sont déjà utilisés pour salinité et température) | | | équations de transport horizontaux et verticaux | mais du fait de problèmes numériques liées aux vitesses de chute | | | | on peut utiliser 2 clés différentes : | | | | - Dkey_tssub_wcompact : pour les dissoutes | | | | - Dkey_parsub_wquickupwind : pour les particulaires | +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ | **key_subs_part_eqsubdt**| sert à regrouper les variables particulaires qui | implique que des variables biologiques dont la vitesse de chute | | | ont la même vitesse de chute tout au long de la | varie différemment dans l'espace ou le temps ne DOIVENT pas avoir | | | simulation - gagne du temps | au depart les mêmes vitesses de chute max et min pour ne pas | | | | être rassembler dans le même groupe. | | | | Verifier dans simu.log la definition des groupes | +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ * **CLES CPP pour ECOMARS** : **Version de base** en plus des clés CPP précédentes :ref:`incellwat.nut4phy3zoo2` +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ | *Clé CPP* | *sert à prendre en compte ou à choisir :* | *ce que ça implique pour les données et parametres* | +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ | **key_biolo** | | simule des processus d'échange et d'évolution | | lit parabiolo.txt | | | | entre les variables biogéochimiques | - option 1 par défaut : 17 variables d'état de base | | | | (cycle de l'azote) | - exemple variable.dat : variable_bio_debase1.dat | +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ | **key_biolo_opt2** | | associé à key_biolo pour utiliser l'option 2 | - option 2 : 21 variables d'état de base | | | | de la version de base | - lit parabiolo.txt | | | | - exemple variable.dat : variable_bio_debase2.dat | +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ | **key_messat** | | utilise une climato pour les MES | lit fichier climato | | | | issues de données satellitales | | +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ | **key_physadaptation** | | permet de prendre en compte un comportement | | **Attention** pour l'usage de la clé *key_subs_part_eqsubdt* | | | | adaptatif en fonction des conditions du milieu | | s'assurer que les variables dont la vitesse de chute peut varier | | | | effet turbidite sur le seuil de predation | | au cours du temps et de l'espace ne sont pas rassemblées dans un | | | | | | même groupe | | | | Ik variable en fonction de turbidité et saison | | :ref:`predation.proie` | | | | :math:`\gamma_{mesozoo}` varie avec turbidité | | :ref:`effet.lum` | | | | pas de predation des diatomees par le microzoo | | :ref:`limgraz.food` | | | | si profondeur faible <100m | | | | | | vitesses de chute des diatomées et du matériel | | :ref:`chute.bio` | | | | détritique varient en fonction de la profondeur | | | +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ | **key_diatbenth** | | permet de prendre en compte une variable fixée | | une variable fixée supplémentaire | | | | supplémentaire : N_diatomée_benthique (option 1) | | | +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ | **key_zoo_prod** | | permet de calculer en plus la production totale | | deux variables fixées supplémentaires | | | | "secondaire"; ici celle du zooplancton | | trois variables diagnostiques en plus | +--------------------------+-------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ * **CLES CPP pour ECOMARS** : **COUPLAGE ECOMARS+SEDI-MARS** +--------------------------------------+---------------------------------------------------------------------------+ | *Clé CPP* | *sert à prendre en compte ou à choisir :* | +--------------------------------------+---------------------------------------------------------------------------+ | **key_Pconstitonly_insed** | | couplage partiel avec le module SEDIM :ref:`coupl_biolo_sedim` | | | **key_sedim ; key_sedim_mixsed** | | ne simule pas la biogeochimie dans les sediments | | +--------------------------------------+---------------------------------------------------------------------------+ * **CLES CPP pour ECOMARS** : **Modules suplémentaires** +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | *Clé CPP* | | *sert à prendre en compte ou à choisir :* | | *ce que ça implique pour les données et parametres* | | | | | | ATTENTION : pour chaque clé : | | | | | | modification des fichiers de paramètres | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_psnz | simulation de Pseudo-Nitzschia sp. | | :ref:`pseudo.nitzschia` | | | | | (non compatible avec key_biolo_opt2) | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_karenia | simulation de Karenia mikimotoï | | :ref:`karenia` | | | | | (non compatible avec key_biolo_opt2) | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_phaeocystis | simulation de Phaeocystis globosa | | :ref:`phaeocystis` | | | | | (non compatible avec key_biolo_opt2) | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_ulvas | simulation des Ulves | non operationnelle | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_benthos | rajout du module benthos | | :ref:`benthos` | | | | | (non compatible avec key_biolo_opt2) | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_suspensivores | rajout du module suspensivores | non operationnelle | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_oxygen | simulation de l'oxygene | | :ref:`oxygene` | | | | | (non compatible avec key_biolo_opt2) | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_oyster_benthos | | rajout du module huitre Crassostrea gigas | | :ref:`oyster.benthos` | | | | seulement pour filtrage benthique | | (non compatible avec key_biolo_opt2) | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_oyster_DEB | | rajout du module huitre Crassostrea gigas | | :ref:`oyster.DEB` | | | | modele DEB | | (non compatible avec key_biolo_opt2) | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_oyster_SFG | | rajout du module huitre Crassostrea gigas | | :ref:`oyster.benthos` | | | | modele SFG | | (non compatible avec key_biolo_opt2) | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_microtracers | rajout du module microtraceur | non operationnelle | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_N_tracer | rajout du module de traceur azote | | :ref:`traceur.azote` | | | | | (non compatible avec key_diatbenth et key_biolo_opt2) | | | | | (non compatible avec key_psnz, _karenia, _phaecystis) | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_P_tracer | rajout du module de traceur phosphore | | :ref:`traceur.azote` | | | | | (non compatible avec key_diatbenth et key_biolo_opt2) | | | | | (non compatible avec key_psnz, _karenia, _phaecystis) | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_age_tracer | rajout du module age traceur | | :ref:`traceur.azote` | | | | | (associé à key_N_tracer ou key_P_tracer) | | | | | (non compatible avec key_diatbenth et key_biolo_opt2) | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+ | key_larve | rajout du module larve | non operationnelle | +--------------------------+-------------------------------------------------------+-----------------------------------------------------------------+