MARS run (section rank_0 rank_1)¶
For MARS rank_0 date_startshift=-1 and for rank_1 date_startshift=0. This means that rank 0 starts 1 day before rank 0, so you have to make meteo start 1 day before start date. Check in section meteo:
startshift = -1.0
#startshift = -2.0
If you only want to run MARS (no post-processing), change treatments in section treatments:
#list = ['meteo', 'obc', 'river', 'rank_0', 'rank_1', 'format_oco','demerliac','mirror_copy','finalize']
list = ['meteo', 'obc', 'river', 'rank_0', 'rank_1']
Change nmpi to modify the number of processors (in this case, do not forget to move mpi.txt if it exists !)
Note
In MARS run directory (MARS/RUN_MARS/MANGAE2500/MANGAE2500-r1630/), paracom.txt.ref paraspec.txt.ref output.dat.ref are systematically copied at the beginning of the run in paracom.txt paraspec.txt output.dat. To change paracom paraspec or output parameters, make it directly in configuration file in subsections [[[paracom]]], [[[paraspec]]] or [[[output]]].
Warning
For boolean parameters, do not forget quotes l_out_ubt = ‘.false.’
[[[paracom]]]
#file_meteo = '../../inputs/mangae_meteo.nc'
file_meteo = 'my_file.nc'
[[[paraspec]]]
l_out_nc4par='.false.'
[[[output]]]
time_startout = '00:00:00'
l_out_ubt = '.false.'
pasor = 0.25
To run MARS from 03/01/2014 to 04/01/2014:
launch_mangae config_mangae.cfg -s 2014-01-03,00:00 -e 2014-01-04,00:00
If you have yet prepared you forcing (meteo obc river), you can launch only sections rank_0 and rank_1:
launch_mangae config_mangae.cfg -s 2014-01-03,00:00 -e 2014-01-04,00:00 --only rank_0,rank_1
To follow if the run is OK
check if rank_0 and rank_1 are OK in f1-mangae.xml
in case of problem, check the log files ./logs/MANGAE2500-r1630/20140103_20140104/rank_*.log
Output files: MARS results and save files in RDIR ./MARS/RUN_MARS/MANGAE2500/MANGAE2500-r1630/:
rank_0/champs_r1630.nc
rank_1/champs_r1630.nc
CPU time on 32 proc. for MANGAE2500: 1’ for rank_0, 15’ for rank_1
Section rank_0 allows to run MARS rank 0
#++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
# Section rank_0
# Lancement du run MARS rang 0
# Entrées disponibles :
# depend : liste contenant les noms des traitements dont dépend le traitement courant, liste vide si aucune dépendance
# description : description du traitement (récupéré via l'option --list du script launcher.py)
# name : nom du job soumis sur le calculateur (!!!! ne pas dépasser 15 caractères !!!)
# nmpi : optionnel, nombre de processus MPI
# nomp : optionnel, nombre de threads OpenMP (par processus MPI si nmpi >1 )
# mpi_comp : version du compilateur MPI (mpi_intel ou mpi_mpt), obligatoire si nmpi > 1
# launch : procédure de lancement associée
# mars_exe : nom de l�~@~Yexécutable Mars �| lancer
# rundir : emplacement du répertoire d'exécution MARS (par rapport �| RDIR/CONFIG)
# connect : valeur logique d'activation de la procédure de connection des fichiers de sorties
# time_startout : heure de début d�~@~Yécriture des résultats, chaîne de caractères du type 'HH:MM:SS'
# Sous-sections :
# paracom : modification du fichier paracom.txt de référence
# paraspec : modification du fichier paraspec.txt de référence
# output : modification du fichier output.dat de référence
#++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
[[rank_0]]
depend = ['meteo']
description = 'MANGAE config, run Mars rank 0'
name = 'mang25_rank0'
nmpi = 32 #64
mpi_comp = 'mpi_intel'
nomp = None
launch = 'tools.mars.launch_mars'
mars_exe = 'mars_exe_rank0'
rundir = 'MANGAE2500-r1630/rank_0'
connect = False
[[[paracom]]]
file_meteo = '../../inputs/mangae_meteo.nc'
[[[paraspec]]]
[[[output]]]
time_startout = '00:00:00'
Section rank_1 allows to run MARS rank 1
#++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
# Section rank_1
# Lancement du run MARS rang 1
# Entrées disponibles :
# depend : liste contenant les noms des traitements dont dépend le traitement courant, liste vide si aucune dépendance
# description : description du traitement (récupéré via l'option --list du script launcher.py)
# name : nom du job soumis sur le calculateur (!!!! ne pas dépasser 15 caractères !!!)
# nmpi : optionnel, nombre de processus MPI
# mpi_comp : version du compilateur MPI (mpi_intel ou mpi_mpt), obligatoire si nmpi > 1
# nomp : optionnel, nombre de threads OpenMP (par processus MPI si nmpi >1 )
# launch : procédure de lancement associée
# mars_exe : nom de l�~@~Yexécutable Mars �| lancer
# rundir : emplacement du répertoire d'exécution MARS (par rapport �| RDIR/CONFIG)
# connect : valeur logique d'activation de la procédure de connection des fichiers de sorties
# Sous-sections :
# paracom : modification du fichier paracom.txt de référence
# paraspec : modification du fichier paraspec.txt de référence
# output : modification du fichier output.dat de référence
# time_startout : heure de début d�~@~Yécriture des résultats, chaîne de caractères du type 'HH:MM:SS'
#++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
[[rank_1]]
depend = ['meteo','obc','river','rank_0']
description = 'MANGAE config, run Mars rank 1'
name = 'mang25_rank1'
nmpi = 32 # 60
mpi_comp = 'mpi_intel'
nomp = None
launch = 'tools.mars.launch_mars'
mars_exe = 'mars_exe_rank1'
rundir = 'MANGAE2500-r1630/rank_1'
connect = False
[[[paracom]]]
file_meteo = '../../inputs/mangae_meteo.nc'
[[[paraspec]]]
file_init = '../../inputs/mangae_init.nc'
file_obc_ogcm_s = '../../inputs/mangae_obc_south.nc'
file_obc_ogcm_n = '../../inputs/mangae_obc_north.nc'
file_obc_ogcm_w = '../../inputs/mangae_obc_west.nc'
[[[output]]]
time_startout = '00:00:00'
To make a copy of MARS results (useful for hindcasts with option –step, not to overwrite MARS results file at each time step, if filebydate=.false.), use make_copy in rank_1 section
connect = False
make_copy = './your_own_directory'
[[[paracom]]]
file_meteo = '../../inputs/mangae_meteo.nc'
Remark : change time_startout = ‘00:00:00’ in time_startout = ‘01:00:00’, if you don’t want to have twice echeancy 00:00:00.
