.. _incellwat.nut4phy3zoo2:

Versions de base 
================

**Introduction : Basic Version**

* Parmi les éléments majeurs de la matière vivante, le carbone n’est pas considéré comme limitant et, donc, **seuls l’azote, le silicium et le phosphore** sont considérés, à la fois sous leur forme minérale, leur forme incluse dans la matière vivante et leur forme détritique. 
* Le modèle biogéochimique est donc un modèle de type **NPZD (NUTRIMENT > PHYTOPLANCTON > ZOOPLANCTON > DETRITIQUE)**. 
* Dans l’**azote minéral** dissous, on distinguera le nitrate (NO3) de l’ammonium (NH4), la forme nitrite (NO2) étant négligée. 
* Le **phosphore minéral** est représenté sous forme PO4 dissoute et sous forme adsorbée sur les particules argileuses en suspension dans la colonne d’eau.
* Le compartiment **phytoplanctonique** est représenté par trois variables : 
  * les **diatomées**, majoritaires dans le milieu au printemps, 
  * les **dinoflagellés**, surtout visibles en été et automne, et 
  * les **nanoflagellés**, d’apparitions plus fugaces. 
* Ces trois types de microalgues sont exprimés dans le modèle sous la forme de leur contenu en azote.
* Afin de prendre en compte une régulation par broutage du stock phytoplanctonique, le **zooplancton** est également simulé par deux classes de taille : 
  * le **microzooplancton**, qui ne se nourrit que de nanoflagellés et de matière organique détritique, et 
  * le **mésozooplancton**, qui ne se nourrit que de diatomées, de dinoflagellés et de microzooplancton.
* Le modèle de base fournit aussi le cumul (depuis le 1er janvier de chaque année) de la production primaire des 3 groupes phytoplanctoniques
* On rappelle qu’à ces variables d’état du modèle écologique, s'ajoutent les variables d’état permettant de représenter les caractéristiques physiques du milieu : la salinité, la température, et les matières en suspension minérales, qui conditionnent la turbidité du milieu et la pénétration de la lumière.
* **Il existe deux grandes options pour cette version de base** : la première option (:ref:`incellwat.nut4phy3zoo2_opt1`) simule 17 variables d'état et la seconde option simule 21 variables d'état (:ref:`incellwat.nut4phy3zoo2_opt2`). Ces deux options diffèrent principalement par une prise en compte différente des détritus de plancton et du puits de matière au fond. D'autre part, le zooplancton est exprimé en terme d'azote dans l'option 1, tandis qu'il est exprimé en terme de carbone dans la seconde option.  
* Plusieurs modules complémentaires peuvent accompagner ces versions de base (:ref:`clesCPP.bio`  et :ref:`incellwat.modules`)
* Le couplage du module ECO-MARS et du module SEDIM-MARS (:ref:`coupl_biolo_sedim`) est possible afin de mieux gérer les processus dans le sédiment et les flux à l'interface. Ce couplage demande de prendre un certain nombre de précautions. 

**Table of contents**

.. toctree::
    :maxdepth: 6

    incellwat.nut4phy3zoo2_opt1
    incellwat.nut4phy3zoo2_opt2
    processus.bio
    parametrage.bio
    verti.nut4phy3zoo2
    variable.bio
    diagnostic.bio
    calculs0