.. _diagnostic.bio:

Variables diagnostiques (version de base)
=========================================
Des variables *diagnostiques* de base sont définies dans le modèle ECOMARS. Leurs noms et dimensions (2D ou 3D) sont lues dans le fichier *vardiag.dat*.
Elles sont calculées au cours du temps soit dans le module *biolodyncellwat*  soit dans le module *biolodynzwat* :

.. warning::

   **Pour l'option 2** : L'exemple de fichier de variables diagnostiques donné dans **$HOMEMARS/../EXAMPLES/vardiag_opt2.dat** doit être utilisé à la place du vardiag.dat donné dans le repertoire *inputs* de la configuration. (unités différentes pour les productions cumulées)


::

  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | Variables diagnostiques   |  dim    |  calcule ou      |             definition                                              |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | maximum_de_diat           |   2     |  biolodynzwat    | concentration max de diatomées sur la colonne d'eau (µmole.L-1)     |
  |                           |         |                  | option 1 : calculée à partir de chaque début de mois                |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | date_max_diat             |    2    |  biolodynzwat    | date du max de diatomées sur la colonne d'eau                       |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | profondeur_max_diat       |    2    |  biolodynzwat    | profondeur du max de diatomées sur la colonne d'eau                 |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | maximum_de_dino           |    2    |  biolodynzwat    | concentration max de dinoflagellés sur la colonne d'eau (µmole.L-1) |
  |                           |         |                  | option 1 : calculée à partir de chaque début de mois                |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | date_max_dino             |    2    |  biolodynzwat    | date du max de dinoflagellés sur la colonne d'eau                   |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | profondeur_max_dino       |    2    |  biolodynzwat    | profondeur du max de dinoflagellés sur la colonne d'eau             |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | maximum_de_nano           |    2    |  biolodynzwat    | concentration max de nanoplancton sur la colonne d'eau (µmole.L-1)  |
  |                           |         |                  | option 1 : calculée à partir de chaque début de mois                |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | date_max_nano             |    2    |  biolodynzwat    | date du max de nanoplancton sur la colonne d'eau                    |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | profondeur_max_nano       |    2    |  biolodynzwat    | profondeur du max de nanoplancton sur la colonne d'eau              |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | grad_vert_salinite        |     2   |  biolodynzwat    | gradient max de salinite rencontré sur la colonne d'eau             | 
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | profondeur_grad_sal       |     2   |  biolodynzwat    | profondeur du gradient max de salinité rencontré                    |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | grad_vert_temp            |     2   |  biolodynzwat    | gradient max de température rencontré sur la colonne d'eau          | 
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | profondeur_grad_temp      |     2   |  biolodynzwat    | profondeur du gradient max de température rencontré                 |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | effet_lumiere_diat        |     3   |  biolodyncellwat | effet limitant de la lumière sur la croissance des diatomées        |
  |                           |         |                  | moyenne sur la journée de minuit à minuit                           |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | effet_azote_diat          |     3   |  biolodyncellwat | effet limitant de l'azote sur la croissance des diatomées           |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | effet_silice_diat         |      3  |  biolodyncellwat | effet limitant de la silice sur la croissance des diatomées         |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | effet_phosp_diat          |    3    |  biolodyncellwat | effet limitant du phosphore sur la croissance des diatomées         |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | effet_lumiere_dino        |    3    |  biolodyncellwat | effet limitant de la lumière sur la croissance des dinoflagellés    |
  |                           |         |                  | moyenne sur la journée de minuit à minuit                           |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | effet_azote_dino          |    3    |  biolodyncellwat | effet limitant de l'azote sur la croissance des dinoflagellés       |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | effet_phosp_dino          |    3    |  biolodyncellwat | effet limitant du phosphore sur la croissance des dinoflagellés     |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | effet_lumiere_nano        |    3    |  biolodyncellwat | effet limitant de la lumière sur la croissance du nanoplancton      |
  |                           |         |                  | moyenne sur la journée de minuit à minuit                           |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | effet_azote_nano          |    3    |  biolodyncellwat | effet limitant de l'azote sur la croissance des nanoplancton        |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | effet_phosp_nano          |    3    |  biolodyncellwat | effet limitant du phosphore sur la croissance des nanoplancton      |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | extinction_lumineuse      |    3    |  biolodynzwat    | coefficient d'extinction lumineuse                                  |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | prod_diat                 |    2    |  biolodynzwat    | Production de diatomées cumulée sur chaque colonne d'eau            |
  |                           |         |                  |   . option 1 : à partir du 1 janvier  exprime en **Carbone**        |
  |                           |         |                  |   . option 2 : depuis le debut de la simulation exprime en **Azote**|
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | prod_dino                 |    2    |  biolodynzwat    | Production de dinoflagellés cumulée sur chaque colonne d'eau        |
  |                           |         |                  |   . option 1 : à partir du 1 janvier  exprime en **Carbone**        |
  |                           |         |                  |   . option 2 : depuis le debut de la simulation exprime en **Azote**|
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | prod_nano                 |    2    |  biolodynzwat    | Production de nanophytoplancton cumulée sur chaque colonne d'eau    |
  |                           |         |                  |   . option 1 : à partir du 1 janvier  exprime en **Carbone**        |
  |                           |         |                  |   . option 2 : depuis le debut de la simulation exprime en **Azote**|
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | chlorophylle_a            |    3    |  biolodyncellwat | Concentration en chlorophylle (µg.L-1)                              |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | prod_cumul_chloro         |    2    |  biolodynzwat    | Production totale cumulée sur la hauteur d'eau                      |  
  |                           |         |                  |    . option 1 :  exprimé en Carbone à partir du 1/01                |
  |                           |         |                  |    . option 2 :  exprimé en Azote à partir du 1/01                  |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | wchute_diat               |    3    |  biolodyncellwat | vitesse de chute des diatomées (m/jour)                             |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | wchute_det                |    3    |  biolodyncellwat | vitesse de chute du matériel détritique (m/jour)                    |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | SPIMSPOM                  |    3    |  biolodynzwat    | concentration en matières en supsension totale (mg/L)               |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | Correct_Mes               |    3    |  biolodynzwat    | (utilise si si key_messat) =1 si MES satellite ; =0 si MES simulé   |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | prod_microzooplankton     |    2    |  biolodynzwat    | | Production totale cumulée sur la hauteur d'eau pour microzoo      |  
  |                           |         |                  | | utilisee seulement si **key_zoo_prod**                            |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | prod_mesozooplankton      |    2    |  biolodynzwat    | | Production totale cumulée sur la hauteur d'eau pour mesozoo       |  
  |                           |         |                  | | utilisee seulement si **key_zoo_prod**                            |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+
  | prod_secondaire_totale    |    2    |  biolodynzwat    | | Production totale cumulée sur la hauteur d'eau du zoo             |  
  |                           |         |                  | | utilisee seulement si **key_zoo_prod**                            |
  +---------------------------+---------+------------------+---------------------------------------------------------------------+